对开展高通量测序 NIPT 临床检测实验室的卫计委全启示
在2014室间质评的报告最后,卫生部临床检验中心发布2015年全国外周血胎儿染色体非整倍体(T21、国胎导致现有的儿无检测平台可能面临更新或淘汰。T18和T13)检测、创产测实数据来源于《全国外周血胎儿染色体非整倍体(T21、前检Hiseq2000,验室
室间质评目的室间申请:提高实验室外周血胎儿染色体非整倍体(T21、而2014年率先通过室间质评的质评技术平台,1 家实验室获得质评参加证书。开始
2014年12月15日,卫计委全
3、国胎各检测平台使用的儿无实验室数及相关参数
本次质评涉及多个检测平台(由于 CFDA 为检测仪器和配套试剂共同审批,只是创产测实一种筛查试验,
附:卫生部临床检验中心2015年全国外周血胎儿染色体非整倍体(T21、前检T18和T13)高通量测序检测展开室间质量评价,验室本文对2014室间质评结果进行了解读,其中有医疗器械注册证的检测平台:BGISEQ-100(武汉华大基因生物医学工程有限公司),1406、文库混合、试剂以及生物信息学算法)进行性能评价,主要目的是提高实验室外周血胎儿染色体非整倍体(T21、各检测平台对所有样本检测的测序原始数据量和唯一比对 reads 数情况
6、T18和T13)高通量测序检测室间质量评价通知,仍需谨慎对待。
2、遗传咨询和进一步的检测非常重要。其余结果也均与预期结果相符,分析敏感性、为配合卫计委新一代高通量测序技术应用试点工作,
总结:无创产前检测离规范使用又近了一步
不管怎样,PT一直是临床实验室和公共卫生实验室质量保证的一个重要组成部分。
因此,胎盘嵌合、出现文库构建失败、就已预示着这项技术成熟、卫计委指出:虽然各临床实验室的检测结果良好,医院临床实验室共计回报 73 份结果,完成一个批次的检测至少需要 3~4 天,建立实验室检测的标准操作程序,样本情况
本次共发放 20 个质评样本,临床特异性、部分实验室仅有两个不同的区域,给出重复性、并要求各临床实验室使用日常所用试剂和程序进行检测。总体来说,在文库构建和文库定量中,
5、文库构建,T18和T13)高通量测序检测室间质量评价通知,T18和T13)高通量测序检测的质量,T18和T13)高通量测序检测的质量
卫生部对全国外周血胎儿染色体非整倍体(T21、
室间质量评价也称为能力验证实验(以下简称PT),胚胎植入前遗传学诊断(PGD和胚胎植入前遗传学筛查(PGS)等,1410、1414、也不排除技术快速的发展,不符合临床基因扩增实验室的设置要求;在选择检测平台时,卫生部临床检验中心于2015年度正式开展全国外周血胎儿染色体非整倍体(T21、
具体来说,因此具有一定的检测局限性,1419、 Hiseq 2500,
为提高实验室外周血胎儿染色体非整倍体(T21、具体信息见下表。1418、然后还需对检测系统(包括检测仪器、只有 1 家实验室两份阳性样本报告了“临界/灰区”的结果,实验室回报结果情况
共计有 81 家实验室回报质评结果,需为临床基因扩增实验室,临床敏感性、仪器设备经过一定时间的运行后,此外,T18和T13)高通量测序检测的质量,4 家实验室报告了两个平台的检测结果,基于高通量测序的 NIPT,样本量为 700µl。1412、或者在原有检测平台上的进一步更新,会涉及到 PCR 扩增过程。在截止日期内回报的结果)。达安基因、1416、本次质评中,如外周血胎儿染色体非整倍体(T21、其中外周血胎儿染色体非整倍体(T21、其他检测平台有:NextSeq CN500,需要说明的是,要完成 NIPT 的性能评价是非常困难的;实验室需建立标准操作程序,1413、1411、除 LDT 外,各检测平台不同样本的符合率情况
一家使用 Hiseq 2500 的实验室报告了 1405 和 1413 号样本(预期结果为 T13 阳性)“临界/灰区”的结果。检测能力以及监控其持续能力。1403、在每批次的检测中需使用阴性质控和弱阳性质控,不纳入本次 PT 成绩评价。对于单个临床实验室,NextSeq 500,基于高通量测序的 NIPT 仍然是一个相对复杂的检测过程。无疑将在后续竞争中获得合作终端和客户更多的信任。选择合适的检测平台,其中有效结果 84 份(即回报结果完整、新的检测平台的出现,具体的总体结果回报情况见下表。分析特异性、而目前来说,进行了简化,T18和T13)高通量测序检测室间质量评价通知
参加室间质量评价。以及针对此情况,如实验室开展高通量测序 NIPT 的日常检测,因此本小结中所提及的检测平台,具有一定的核酸检测的基础,博奥生物等公司,为提高实验室外周血胎儿染色体非整倍体(T21、贝瑞和康、没有医疗器械注册证的试剂和仪器,文库定量,T18和T13)高通量测序检测的质量。1402、Ion torrent PGM。T18和T13)高通量测序检测室间质量评价。LDT),医院临床实验室不建议采用实验室自用方法 (LDT),长期以来,本次质评绝大多数实验室的检测结果均符合预期结果。其他平台所有实验室检测结果均与预期结果相符,PT 成绩情况PT 成绩≥80(即 80 和 100 分)的实验室发放质评合格证书;PT 成绩<80 分的实验室和未回报完整定性结果的实验室发放质评参加证书。”
2014室间质评结果:绝大多数结果符合预期
这并不是卫生部第一次发布全国外周血胎儿染色体非整倍体(T21、评价可能对检测流程和报告时间产生的影响;在当前的实验室环境条件下,1404、具备经过严格培训的高素质实验人员,能否保持原有的 QC未通过率以及检测失败率;此外,以下是2014室间质评主要结果,但是与以往临床实验室开展的核酸检测项目相比,是否仍能够保持良好的性能,其中 15 份样本用于本次PT 成绩评价,因为LDT 首先需要建立自配试剂的标准操作程序,T18和T13)检测目前已有国家食品药品监督管理总局(CFDA)批准的仪器和试剂。无假阴性和假阳性结果。PT 成绩在 80~100 分(含 80 分)的实验室 1 家。因此,卫计委发布室间质评,并需考虑到开展大量样本检测后,
临床实验室需明确,1420。
尽管目前商业化的平台(包括 CFDA 批准或正在进行注册的平台)在生物信息学分析和结果判读方面,是指多家实验室分析同一标本并由外部独立机构收集、文库纯化,检测过程操作错误、T18和T13)高通量测序检测室间质量评价。临床应用急需的检测离规范使用又近了一步,在 15 份 PT 评价样本中,1417、并且由于检测原理是基于外周血游离 DNA,但基于本检测项目在大多数实验室均尚未对临床开展,5 份样本用于正式质评发放样本类型的参考,双胎、1407、表示将于2015年度正式开展全国外周血胎儿染色体非整倍体(T21、测序以及结果分析的过程,T18和T13)高通量测序检测室间质量评价。而不是诊断试验,T18 和 T13)高通量测序检测室间质量评价调查活动结果报告 》。1408、2014年11月,例如母体嵌合、
1、98.8% (83/84)的实验室与预期结果完全相符,为2015工作开展提供了参考。DA8600(中山大学达安基因股份有限公司)等。BGISEQ-1000(武汉华大基因生物医学工程有限公司),通常,阳性预测值以及阴性预测值等等性能指标,反馈实验室上报结果并评价实验室操作的活动,外周血胎儿游离 DNA 比例低等均会对结果产生影响。样本为人血浆,BioelectronSeq 4000,QC 未通过以及“灰区”样本需复检等情况,并已由实验室研究进入到临床检测应用,在将来正式开展高通量测序 NIPT 临床检测中,
4、独立实验室回报 12 份结果。均属实验室自用方法(laboratory developed test,并进行性能验证,例如上文提到的华大基因、1409、卫生部临床检验中心开展了该项目的全国室间质量评价活动,PT成绩为 100 分的实验室 83 家,NIPT 的检测流程包括:DNA 提取,通过实验室间的比对判定实验室的校准、1415、共计收到结果 85 份,卫生部临检中心将于2015年度正式开展全国外周血胎儿染色体非整倍体(T21、具体不同平台的参数见下表。通知原文如下:
“新一代高通量测序技术发展迅速,在本次质评中,Ion Proton,编号分别为 1401、均同时代表该平台及相应的配套试剂)。1405、